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Sympo TIC & Santé, 22 janvier : System biology, omics, translational cancer medicine

« System biology, omics, translational cancer medicine » était le thème de la première conférence de la matinée TIC & Santé du 22 janvier dernier, présentée par Yves Pommier, patron du Laboratoire de Pharmacologie Moléculaire du National Cancer Institute.

Une conférence passionnante et très pointue sur l’apport des systèmes de connaissances au drug discovery dans les domaines de la bioinformatique, de la fouille de données (ou data mining) et des -omics.

Le Laboratoire de Pharmacologie Moléculaire du National Cancer Institute intervient en amont dans le processus d’identification de nouveaux anti-cancéreux en criblant des molécules candidates sur des lignées cellulaires qui constituent des modèles expérimentaux de différents types de tumeurs.

Croiser une base de plus de le 500.000 molécules sur 60 modèles cellulaires génère une immense quantité de données, d’autant qu’avec les avancées de la génétiques des 2 dernières décennies, les paramètres d’analyse se multiplient : de la « simple » toxicité des molécules sur les cellules, on est passé à l’analyse des interactions entre les molécules et l’ADN des cellules tumorales (analyse de l’expression génique – au niveau de l’ADN et de l’ARN – des cellules exposées aux molécules testées).

Un profil d’expression génique des cellules exposées aux potentiels anti-cancéreux est ainsi obtenu qui porte sur plusieurs milliers de gènes par lignée cellulaire.

En plus de qualifier les molécules à tester et de les sélectionner pour des recherches ultérieures, cette approche permet également de comprendre le rôle des gènes et de leurs dérivés (les micro-ARN par exemple) dans les mécanismes tumoraux en comparant les résultats entre lignées cellulaires, et d’identifier des gènes spécifiques de chaque type de tumeur.

En plus de ce côté analytique qui requiert des puissances importantes de calcul, la base de données des molécules testées est ouverte puisqu’elle peut être alimentée par de nouveaux composés synthétisés par l’industrie pharmaceutique et biotech ou par des labos académiques. Les molécules anticancéreuses sur le marché y sont également ajoutées.

Les données issues des analyses sont disponibles pour la communauté scientifique à partir d’une page web, qui permet d’accéder aux bases de données et aux applications bioinformatiques du laboratoire.

Outre la présentation par Yves Pommier d’applications bioinformatiques dans le domaine de la découverte de médicaments, il faut retenir à mon sens de cette première session le modèle de recherche participative et ouverte, par l’accès et le partage des outils, des modèles expérimentaux et des résultats. Ceci n’est pas sans rappeler une initiative comparable dans le secteur privé, que j’avais abordé ici.

Dans un prochain post, pour poursuivre sur ce symposium TIC & Santé, je reviendrai sur la présentation du robot Nao par Aldebarran Robotics et de ses applications dans le domaine de la santé.

——–

Si j’ai raconté n’importe quoi sur la génétique, n’étant pas spécialiste, n’hésitez pas à me corriger dans les commentaires !

[image : ‘The thrillingness that is systems biology‘ / alisoncownie sur flickr]

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5 Commentaires Poster un commentaire
  1. Merci pour l’information toujours actualisée !

    28 janvier 2010
  2. Merci pour l’article c’est interessant

    28 janvier 2010

Rétroliens & Pings

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