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Sympo TIC & Santé, 22 janvier : System biology, omics, translational cancer medicine

« System biology, omics, translational cancer medicine » était le thème de la première conférence de la matinée TIC & Santé du 22 janvier dernier, présentée par Yves Pommier, patron du Laboratoire de Pharmacologie Moléculaire du National Cancer Institute.

Une conférence passionnante et très pointue sur l’apport des systèmes de connaissances au drug discovery dans les domaines de la bioinformatique, de la fouille de données (ou data mining) et des -omics.

Le Laboratoire de Pharmacologie Moléculaire du National Cancer Institute intervient en amont dans le processus d’identification de nouveaux anti-cancéreux en criblant des molécules candidates sur des lignées cellulaires qui constituent des modèles expérimentaux de différents types de tumeurs.

Croiser une base de plus de le 500.000 molécules sur 60 modèles cellulaires génère une immense quantité de données, d’autant qu’avec les avancées de la génétiques des 2 dernières décennies, les paramètres d’analyse se multiplient : de la « simple » toxicité des molécules sur les cellules, on est passé à l’analyse des interactions entre les molécules et l’ADN des cellules tumorales (analyse de l’expression génique – au niveau de l’ADN et de l’ARN – des cellules exposées aux molécules testées).

Un profil d’expression génique des cellules exposées aux potentiels anti-cancéreux est ainsi obtenu qui porte sur plusieurs milliers de gènes par lignée cellulaire.

En plus de qualifier les molécules à tester et de les sélectionner pour des recherches ultérieures, cette approche permet également de comprendre le rôle des gènes et de leurs dérivés (les micro-ARN par exemple) dans les mécanismes tumoraux en comparant les résultats entre lignées cellulaires, et d’identifier des gènes spécifiques de chaque type de tumeur.

En plus de ce côté analytique qui requiert des puissances importantes de calcul, la base de données des molécules testées est ouverte puisqu’elle peut être alimentée par de nouveaux composés synthétisés par l’industrie pharmaceutique et biotech ou par des labos académiques. Les molécules anticancéreuses sur le marché y sont également ajoutées.

Les données issues des analyses sont disponibles pour la communauté scientifique à partir d’une page web, qui permet d’accéder aux bases de données et aux applications bioinformatiques du laboratoire.

Outre la présentation par Yves Pommier d’applications bioinformatiques dans le domaine de la découverte de médicaments, il faut retenir à mon sens de cette première session le modèle de recherche participative et ouverte, par l’accès et le partage des outils, des modèles expérimentaux et des résultats. Ceci n’est pas sans rappeler une initiative comparable dans le secteur privé, que j’avais abordé ici.

Dans un prochain post, pour poursuivre sur ce symposium TIC & Santé, je reviendrai sur la présentation du robot Nao par Aldebarran Robotics et de ses applications dans le domaine de la santé.

——–

Si j’ai raconté n’importe quoi sur la génétique, n’étant pas spécialiste, n’hésitez pas à me corriger dans les commentaires !

[image : ‘The thrillingness that is systems biology‘ / alisoncownie sur flickr]

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bionumérique : 3 clusters dans la course

American Robotic, originally uploaded by tubes..

J’ai assisté en fin de semaine dernière, à l’Institut Pasteur, au lancement du Partenariat TIC & Santé par les pôles de compétitivité Medicen, System@tic et Cap Digital.

Ces trois pôles de compétitivité franciliens abordent chacun des thématiques a priori éloignées (santé et médecine pour Medicen, systèmes complexes pour System@tic et contenus numériques pour Cap Digital) et ont choisi de s’associer pour développer de nouveaux produits et services à l’interface de la santé et des nouvelles technologies.

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liens du jour – 03/02/09

[cause] The Medical Quack: The Danny Fund – Research and Development To Find the cure for Melanoma – à l’occasion du superbowl, Bruce Springsteen s’engage dans le soutien à la recherche sur le mélanome.

[pharmaco] Potential New Target For Hypertension Treatment Discovered – intéressant et à suivre…

[search engine] davidrothman.net » novo|seek (3rd-Party PubMed/MEDLINE Tool) – un outil de plus pour explorer Medline.

[révélation] Who Is Behind The Medicines Information On The Internet? – la pharma et les media sociaux : transparence de rigueur !

[biz] Sanofi lining up billions for a major buyout – FierceBiotech – c’est la saison des fusions ?

[pop] And in the end… the love you make, is equal to the love you take – parce que j’adore les beatles.

6 moteurs de recherche innovants en santé

AltSearchEngines.com est un blog de l’excellent réseau ReadWriteWeb qui scanne et indexe les moteurs de recherche de niche et alternatifs, qui apportent une réelle innovation aux internautes dans leurs recherches sur le web.

AltSearchEngines.com établit un top100 mensuel de ces moteurs alternatifs, je me suis penché sur les moteurs spécialisés en santé du top100 du mois de mars 2008.

Ils sont au (faible) nombre de 6, dont 2 ont déjà été présentés ici.

  • GoPubMed : présenté ici récemment, GoPubMed applique des concepts web2.0 aux recherches MedLine. Un outil très puissant une fois son fonctionnement assimilé.
  • HealthLine : énorme portail santé qui promet un accès aux informations les plus pointues et les plus fiables. Le site embarque notamment une plate-forme de blogs experts à qui chacun peut poser ses questions, de nombreuses videos ou des outils interactifs (quizz…). C’est presque trop!
  • Le site est certifié Health On Net.
  • HealthPricer : le kelkoo des produits de santé, dont médicaments de prescription, très orienté US où l’utilisation du net pour le shopping santé est déjà très développée. Pas forcément encore le cas en Europe et en France, du fait des risques liés à l’achat de médicaments en ligne : voir la mise en garde de l’AFSSAPS sur ce point.
  • Le site est certifié Health On Net.
  • Healia : un logo, un champ de recherche et un bouton « search », pas de doute c’est sur un moteur de recherche que l’on a atterri. Mais derrière cette simplicité apparente se cachent d’autres fonctionnalités, recherche web bien sur, mais aussi recherche de publications scientifiques et d’essais cliniques (en version beta) sur medline et sur clinicaltrials.gov. Healia propose aussi des fonctionnalités sociales (« share your experience, connect with people, ask questions »), ce sont les communautés Healia, également en version beta.
  • iMedix : également chroniqué ici, iMedix attire l’oeil d’emblée par ses fonctions sociales en mettant en page d’accueil les photos de ses membres.
  • OrganizedWisdom : « the human powered health search » OrganizedWisdom propose une recherche dans une information déjà hiérarchisée, organisée, validée par des experts, médecins ou non, et invite les membres à devenir experts à leur tour. A noter la possibilité d’accèder moyennant 1,99$ la minute à un chat avec un professionnel de santé.
  • Le site est certifié Health On Net.

« social bookmarking » & « user ranking » dans la santé

La lecture de ce post hier sur techcrunch.fr, et un passage sur tomateo.com, m’ont inspiré une veille des digg-like dédiés à la santé et aux sciences de la vie.

Digg est le standard en matière de partage et de notation de liens en ligne (social bookmarking + user ranking).

Sur wikipedia :

Digg est un site Internet communautaire, typique du phénomène « Web 2.0 », qui a pour but de faire voter les utilisateurs pour une page Internet intéressante et proposée par un utilisateur. Il dispose de plusieurs catégories, telles Politique, Divertissement, Vidéos, Technologie…
Il combine « social bookmarking », blog et syndication.
Les nouveaux articles et les sites Web soumis par les utilisateurs sont notés par d’autres utilisateurs et s’ils remportent le succès nécessaire, ils sont affichés en page d’accueil.

Un premier exemple dans le domaine santé :

biowizard.com applique le principe de digg à la littérature scientifique indexée sur pubmed.

L’article « Activation-induced cytidine deaminase links bile duct inflammation to human cholangiocarcinoma », Hepatology. 2008 Feb 27; 47(3):888-896. Komori J, Marusawa H, Machimoto T, Endo Y, Kinoshita K, Kou T, Haga H, Ikai I, Uemoto S, Chiba T, y est par exemple le plus plébiscité par la communauté biowizard.com dans les 30 derniers jours.

à suivre…

pubmed + folksonomy = gopubmed

gopubmeb.jpg

Je ne suis malheureusement pas un expert de la recherche sur Medline via PubMeb, mais GoPubMeb me semble un outil alternatif très intéressant pour chercher et trouver rapidement des publications scientifiques pertinentes en biologie et médecine.

Développé par TransInsight et l’université de Dresde, GoPubMeb ajoute plusieurs concepts « 2.0 » à une recherche medline classique : réseau social, folksonomy, travail collaboratif.

Trouvé sur Everything2.0, testé & adopté : )