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Articles de la catégorie ‘recherche’

Le génome humain, 10 ans après dans Nature


Le 15 février 2001 la revue Nature publiait  Initial sequencing and analysis of the human genome, un article de 62 pages qui présentait une première ébauche du génome humain, fruit des travaux du consortium international Human Genome Project établi une dizaine d’année auparavant.

Dix après, Nature publie un dossier spécial qui revient sur une décennie d’avancées en génétique, biologie et médecine.

Le recul n’est pas encore suffisant pour évaluer l’impact de ces avancées scientifiques pour la médecine au quotidien, mais il est impressionnant de mesurer le chemin parcouru en 10 ans, en terme de volume de données exploré, de nouvelles connaissances acquises et de progrès des technologies qui ont rendues possibles ces travaux .

En bonus geek pour marquer le coup, Nature offre une appli iPad pour accompagner son édition spéciale à récupérer ici.

« Vivre, vite », l’histoire de Stephen Heywood, sur Arte le 27 août

J’ai déjà à plusieurs reprises évoqué ici PatientsLikeMe, le réseau social emblématique de la santé 2.0 nord-américaine.

Arte diffusera le 27 août prochain le documentaire « Vivre, vite » (So Much So Fast en anglais) réalisé par Steven Ascher et Jeanne Jordan et consacré à l’histoire de Stephen Heywood atteint par la Sclérose Latérale Amyotrophique à l’âge de 29 ans.

Les 2 frères de Stephen Heywood co-fonderont PatientsLikeMe en 2004.

Mitotarget : de la mitochondrie au web

La SLA, Sclérose Latérale Amyotrophique, également connue sous le nom de maladie de Charcot, est une pathologie neurodégénérative, de progression rapide dont la physiopathologie implique une altération des motoneurones, cellules nerveuses responsables des mouvements volontaires. Des anomalies mitochondriales sont notamment évoquées pour expliquer la dégénérescence des motoneurones.

C’est sur la base de cette hypothèse que la société de biotech marseillaise Trophos développe actuellement le TRO19622, un candidat médicament qui cible les mitochondries et a montré dans des essais préliminaires une activité bénéfique sur leur fonctionnement quand ses organites sont soumis à divers stress.

Trophos est aujourd’hui à la tête de MitoTarget, un consortium hospitalo-universitaire européen qui a pour objectif de développer des traitements efficaces contre les maladies neurodégénératives dues à des dysfonctionnements mitochondriaux, SLA en tête.

Pour communiquer auprès des personnes intéressées par le projet, MitoTarget est également un site web lancé en mars 2010 qui présente les tenants et aboutissants du projet.

Trois espaces, traduits pour certains dans les 5 langues représentatives de la structure européenne du consortium, sont présents sur le site : le premier à destination du grand public et des patients notamment, est axé sur la maladie et le protocole de recherche clinique en cours, le second qui s’adresse aux professionnels adopte un language médicale pour fournir les informations essentielles sur le même registre, le dernier ciblant les institutionnels et investisseurs détaille la structure du consortium et les résultats attendus.

Même si le site ne possède pas de dimension « sociale » (au sens web 2.0), il faut saluer cette initiative de communication claire et précise, basée sur des contenus de qualité et adaptés aux populations ciblées. Cela n’est hélas pas toujours le cas des communications faites sur les projets de recherche européens type PCRD (non, non, pas d’exemple), espérons que d’autres institutions seront inspirées par ce modèle, piloté depuis la France qui plus est !

Pour compléter et à signaler également, SLA-pratique.fr, une ressource de qualité également concernant la SLA, et autre fait intéressant, la recherche Google pour le TRO19622 qui fait ressortir en première page, quatrième résultat, une page PatientsLikeMe, celle d’un membre de la communauté PLM SLA participant à un essai clinique en cours sur le produit (la dimension sociale n’est donc finalement pas très loin !).

Parler différemment de la recherche clinique

Vous l’avez peut être remarqué, ce début de semaine ensoleillée (au moins à Paris) a mis à l’honneur la recherche clinique, dans les médias, et sur le web bien entendu.

J’avais récemment ici parlé de l’initiative de l’Institut Lilly qui abordait la vision des français de la recherche clinique, depuis hier est disponible un site de référence et une campagne de sensibilisation sur le terrain, qui ont pour vocation d’apporter une information complète en réponse aux questions que se posent les français sur la recherche clinique, et surtout d’humaniser cette part de recherche médicale parfois méconnue.

Témoignages de participants, de médecins, idées reçues, FAQ, présentation des métiers, décodage de ce qu’est la recherche clinique sont au rendez-vous sur le site notre-recherche-clinique.fr.

Et plus encore, la possibilité de localiser des essais cliniques en cours en France depuis un répertoire d’essais à promotion industrielle ou académique, d’entrer en contact avec les promoteurs de ces essais et même celle de se porter e-volontaire, sain ou patient, dans différents domaines de recherche.

Côté web 2.0, rendez vous sur FacebookTwitterDailyMotion notamment, pour interagir et accéder différemment aux contenus du site notre-recherche-clinique.fr.

Cette initiative est portée par le Centre National de Gestion des Essais des Produits de Santé (CeNGEPS) et la Fédération Hospitalière de France (FHF) et a rassemblé en amont tous les acteurs impliquées en France, associations de patients, promoteurs, comités de protections des personnes, autorités de santé…

Voici un petit tour d’horizon des retombées web liés à cette opération du côté des blogueurs… :

Ou du côté des médias plus classiques, LCI, BFMTV, Le Figaro, France Télévisions pour n’en citer que quelques-uns.

Et comme il est de coutume dans la marine de ne jamais prononcer le mot qui désigne un certain mammifère à grandes oreilles amateur de carotte, si un souhait peut être fait dans le domaine de la recherche clinique, c’est que soit abandonnée la mention d’un autre mammifère habitué des laboratoires qui désigne les participants aux essais cliniques (cf. la plupart des titres évoqués ci-dessus dans les médias généralistes). Gageons que notre-recherche-clinique.fr pourra également faire changer les choses de ce côté ci aussi ;)

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Déclaration d’intérêt : une fois n’est pas coutume sur biogeekblog et pour être tout à fait transparent, je fais la promotion d’une initiative dans laquelle j’ai un intérêt du fait du contrat qui me lie avec les porteurs de ce projet, auxquels j’apporte mon assistance éditoriale.

Twitter ou l’épidémiologie open source ?


Monitorer le web est utile dans de nombreux domaines, comme celui de la surveillance de l’état de santé des populations et la détection de nouvelles menaces sanitaires, c’est le domaine de l’épidémiologie.

Bien sûr l’épidémiologie existe depuis bien avant l’émergence du web, mais avec l’évolution de celui-ci, vers le 2.0 et le user generated content notamment, elle connaît de nouvelles perspectives intéressantes à décoder.

Du terrain aux données en ligne

A la base les outils épidémiologiques sont ceux de « la vrai vie », c’est à dire l’expérience du terrain, comme par exemple le Réseau Sentinelles en France, renommé pour sa surveillance de la grippe saisonnière, qui réunit plus de 1300 médecins généralistes, qui centralisent (via le web) de manière hebdomadaire les informations recueillies au cours de leurs consultations sur différentes pathologies infectieuses ou non.

D’autres outils scannent les sources d’information en ligne (fils d’actualité et sites web) et analysent les signaux relatifs à la santé des populations qui sont émis par ces sources. Ce sont notammant des outils développés spécifiquement par les institutions comme le Global Public Health Intelligence Network (GPIHN) de l’Agence de Santé Publique du Canada et de l’OMS ou le Medical Information System (MedISys) de la Commission européenne.

A signaler également, l’interface des sources d’information, en ligne ou issues du terrain, avec la localisation de ces sources qui permet de visualiser les tendances de manière géographique, c’est par exemple le concept de HealthMap, en illustration de ce billet.

Ces outils sont basés sur des applications spécifiques et demandent un travail quotidien de maintien et de vérification de la qualité des sources qui sont pas essence très variables, d’autant que parmi les sources suivies nombreuses sont dites « informelles » (comprendre « non médicales »).

Plus récemment des acteurs du web, a priori éloignés du monde de la santé (mais qui le sont de moins en moins…), se sont penchés sur les données échangées sur le web pour les mettre en perspective dans un objectif de recherche épidémiologique. Le cas le plus connu est celui des Google Flu Trends, développées par Google.org, la branche philanthropique du géant de la recherche, qui se base sur les termes de recherche des internautes et qui a montré la relation qui existe entre l’utilisation du moteur de recherche et l’évolution de la grippe saisonnière sur le terrain. Ces travaux ont abouti à une publication dans la revue Nature.

Vers l’épidémiologie « open source »

Là où Google exploite nos ses données tirées des recherches qu’il enregistre quotidiennement, des chercheurs se sont récemment penchés sur des données librement accessibles, échangées par les utilisateurs des réseaux sociaux, et en particulier de Twitter. Ces chercheurs ont ainsi pu s’affranchir du côté propriétaire des applications et des données sources, en accédant à des données informelles ici aussi car non officielles et encore moins validées médicalement.

Dans une étude présentée récemment au congrès européen de l’European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, P. Kostkova, E. de Quincey, G. Jawaheer, chercheurs au Centre de recherche en e-santé de la City University à Londres, ont montré l’intérêt de Twitter comme outil d’alerte précoce et de détection d’un événement sanitaire émergent, ici la pandémie de grippe A/H1N1.

Au cours de cette étude, conduite entre mai et août 2009 sur Twitter, ils ont extrait et collecté 1 millions de tweets se rapportant à la grippe A/H1N1, parmi lesquels un certain nombre étaient des annonces à ses followers qu’un utilisateur était atteint de cette fameuse grippe :

We searched and collected over 1 million tweets in the period from May until August 2009 and carry on collecting them on a minute bases to understand public concerns, keywords used and the profile of users who discuss these topics on the web.
Results: We found over 1 million tweets reporting flu related illnesses and symptoms via Twitter in this period. Most popular words in tweets were these (frequency in brackets): flu (138, 260), Swine (99, 179), Have (13, 534), Cases (13, 300), H1N1 (9, 134), Has (8, 010) etc. The actual sentence “I have swine flu” appeared 2, 888 times and “I have flu” 1,530 times. Further evaluation of the collected tweets, semantic relationship of keywords, geolocation of posters is underway and will be presented at the conference.

Source : The potential of Twitter for early warning and outbreak detection (Abstract).

Je vois dans cette information la confirmation de la théorie des signaux faibles (©), chère à mon ami Alain, qui dit qu’un faible volume d’échanges sur twitter correspond à des conversations intenses dans la vrai vie et qui témoigne de l’intérêt de twitter comme outil de veille des conversations on-line et off-line dans le monde, notamment dans la santé.

Des travaux à suivre en tout cas…

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[Billet inspiré de cet article repéré via @StephProd et @jeanlucr]

We are the robots

Encore une passionnante série de photos sur The Big Picture, consacrée aux robots et aux nombreux développements dont ils font l’objet à travers le monde, en particulier dans les applications en santé et dans les services à la personne. Voir à ce sujet mon billet récent sur la robotique humanoïde au service de la personne à l’occasion du Symposium TIC et Santé de janvier 2010, organisé par les pôles de compétitivité Medicen, Cap Digital et System@tic.

Ici l’exemple d’un robot humanoïde développé pour la formation des étudiants en dentaire qui présente des réactions bien humaines comme le saignement et le réflexe de salivation.


A dentist demonstrates a training procedure, using the new humanoid robot named Hanako which was developed by local engineers at universities and a robot maker to aim at training experience to simulate real dental work for student dentists, at Showa University in Tokyo Thursday, March 25, 2010. Hanako is equipped with the set of teeth made of hard plastic and lifelike mouth cavity which can bleeds and flows saliva just as human reflects against stimuli. It also has voice recognition and speech capability so that trainees can just not only improve treatment skill but also learn to hold conversation with the patients to relax them. (AP Photo/Junji Kurokawa)

Un projet de recherche dans le domaine de la prothétique et de l’interface système nerveux / prothèse (projet LifeHand de l’Université de Rome)

Pierpaolo Petruzziello’s amputated hand is linked with electrodes to a robotic hand, seen at top left, as part of an experiment called LifeHand at the Bio-Medical Campus University of Rome. The experiment is designed to allow a human to control the prosthetic with their thoughts. A group of European scientists announced in December of 2009 that they successfully connected a robotic hand to a man, Petruzziello, who had lost an arm in a car accident, allowing him to control the prosthetic with his thoughts and feel sensations in the artificial limb. The experiment lasted a month. But scientists say it marks the first time an amputee has been able to make complex movements using his mind to control a biomechanic hand connected to his nervous system. (AP Photo/Courtesy of Bio-Medical Campus University)

Ou encore, l’assistance d’un robot pour un examen clinique à distance, tirée d’une précédente série Big Picture sur les robots.

La médecine est donc un domaine privilégié de recherche et de développement de la robotique, mais on peut constater que le domaine de la défense, notamment aux Etats Unis, ou d’autres secteurs plus ludiques ou même artistiques font également l’objet de projets innovants.

The Big Picture Robots partie 1.

The Big Picture Robots partie 2.

The Big Picture Robots partie 3.

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Ce post ne peut que me donner l’occasion de partager avec vous ce mythique moment de musique électronique 70’s : Kraftwerk – The Robots