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Articles Tagués ‘cancer’

En mots et en images, la maladie 2.0

(Déjà juin… biogeekblog a baissé de rythme, étant occupé sur pleins d’autres projets par ailleurs… mais ce n’est pas une excuse !).

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J’avais momentanément publié ce billet fin avril, puis l’avais repassé en brouillon, le temps de disposer du OK pour publication, ce qui est maintenant fait, encore merci à @cathcerisey !

Donc…

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Des témoignages de patients atteints de cancer, depuis l’annonce de la maladie au besoin de comprendre et de partager sur un blog, des voix et des images, via @cathcerisey et @maisonducancer.

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En images

C’est bien connu, une image vaut parfois mieux qu’un long discours et sur le web les infographics sont de plus en plus présents. Le but est de représenter simplement, de manière graphique et esthétique, des données et informations complexes.

Le domaine de la santé peut certainement bénéficier de ce type de visualisation, pour relayer par exemple des messages de santé publique ou des données médicales et scientifiques pour un public pas forcément sensible de prime abord.

Je suis tombé sur cette infographie de sensibilisation au cancer de la prostate, via le blog Cool Infographics, qui présente les données clés de la maladie et un message à retenir : plus tôt le diagnostic est fait, plus le traitement sera efficace.

Le groupe Infographics Flickr mérite également une visite et contient de bien belles choses en (et hors) santé.

PS : Si un ou une graphiste est intéressé(e) par ce type d’approche dans la santé et en français il ou elle peut me faire signe : biogeekblog chez gmail point com ;-)

[Crédit image : Mike Wirth]

Journée mondiale contre le cancer : dialoguez avec les chercheurs !

On a pas tous les jours l’occasion de pouvoir interagir avec des chercheurs que l’on imagine, en blouse blanche dans leurs labos, affairés à des projets de recherche fondamentaux ou appliqués, plus ou moins incompréhensibles pour le citoyen lambda.

Pourtant le citoyen se pose légitimement des questions sur la recherche, sur ses enjeux et sur les progrès attendus.

A l’occasion de la journée mondiale de lutte contre le cancer, l’ARC se fait l’intermédiaire entre le grand public et la communauté de la recherche dans le domaine du cancer, et propose aux deux mondes de dialoguer sur questions-chercheurs.com. Chacun est libre de poser des questions et de partager ses interrogations sur les travaux en cours.

En effet, sous l’égide de l’ARC, d’éminents chercheurs, spécialistes du cancer, se mobilisent à partir du 4 février et pendant 2 mois (et plus si besoin) pour échanger avec les médias et le public. Ils répondront sur questions-chercheurs.com aux questions portant sur la recherche sur le cancer en général et sur leur champ d’expertise : la prévention et le dépistage, le cancer du sein, le cancer de la prostate, le cancer du foie, les cancers de l’enfant et les virus responsables de cancer.

Quatre sujets de discussion sont proposés : la recherche sur la prévention et le dépistage, les avancées de la recherche, la recherche sur les traitements des cancers et le soutien de l’ARC à la recherche.

Cette équipe de chercheurs est constituée de personnalités suivantes qui pour l’occasion se présentent sur la chaîne dailymotion de l’ARC :

  • Daniel Birnbaum, directeur de l’équipe « Oncologie moléculaire » au centre de recherche en cancérologie de l’Institut Paoli-Calmettes de Marseille.
  • Marie-Annick Buendia, directrice de l’unité de recherche « Oncogenèse et virologie moléculaire » à l’Institut Pasteur de Paris.
  • Olivier Cussenot, directeur de l’unité de recherche « Urologie » à l’hôpital Tenon à Paris.
  • Guy Launoy, directeur de l’équipe « Cancers et Populations » à l’Université de Caen – Basse-Normandie.
  • Jean Michon, chef du département d’oncologie pédiatrique à l’hôpital de l’Institut Curie à Paris.
  • Jessica Zucman-Rossi, directrice de l’équipe mixte Inserm-Université Paris Descartes « Génomique fonctionnelle des tumeurs solides » à l’hôpital Saint-Louis, Paris.

A signaler enfin : cette belle initiative est également relayée sur twitter (@ARCcancer) et sur facebook.

Sympo TIC & Santé, 22 janvier : System biology, omics, translational cancer medicine

« System biology, omics, translational cancer medicine » était le thème de la première conférence de la matinée TIC & Santé du 22 janvier dernier, présentée par Yves Pommier, patron du Laboratoire de Pharmacologie Moléculaire du National Cancer Institute.

Une conférence passionnante et très pointue sur l’apport des systèmes de connaissances au drug discovery dans les domaines de la bioinformatique, de la fouille de données (ou data mining) et des -omics.

Le Laboratoire de Pharmacologie Moléculaire du National Cancer Institute intervient en amont dans le processus d’identification de nouveaux anti-cancéreux en criblant des molécules candidates sur des lignées cellulaires qui constituent des modèles expérimentaux de différents types de tumeurs.

Croiser une base de plus de le 500.000 molécules sur 60 modèles cellulaires génère une immense quantité de données, d’autant qu’avec les avancées de la génétiques des 2 dernières décennies, les paramètres d’analyse se multiplient : de la « simple » toxicité des molécules sur les cellules, on est passé à l’analyse des interactions entre les molécules et l’ADN des cellules tumorales (analyse de l’expression génique – au niveau de l’ADN et de l’ARN – des cellules exposées aux molécules testées).

Un profil d’expression génique des cellules exposées aux potentiels anti-cancéreux est ainsi obtenu qui porte sur plusieurs milliers de gènes par lignée cellulaire.

En plus de qualifier les molécules à tester et de les sélectionner pour des recherches ultérieures, cette approche permet également de comprendre le rôle des gènes et de leurs dérivés (les micro-ARN par exemple) dans les mécanismes tumoraux en comparant les résultats entre lignées cellulaires, et d’identifier des gènes spécifiques de chaque type de tumeur.

En plus de ce côté analytique qui requiert des puissances importantes de calcul, la base de données des molécules testées est ouverte puisqu’elle peut être alimentée par de nouveaux composés synthétisés par l’industrie pharmaceutique et biotech ou par des labos académiques. Les molécules anticancéreuses sur le marché y sont également ajoutées.

Les données issues des analyses sont disponibles pour la communauté scientifique à partir d’une page web, qui permet d’accéder aux bases de données et aux applications bioinformatiques du laboratoire.

Outre la présentation par Yves Pommier d’applications bioinformatiques dans le domaine de la découverte de médicaments, il faut retenir à mon sens de cette première session le modèle de recherche participative et ouverte, par l’accès et le partage des outils, des modèles expérimentaux et des résultats. Ceci n’est pas sans rappeler une initiative comparable dans le secteur privé, que j’avais abordé ici.

Dans un prochain post, pour poursuivre sur ce symposium TIC & Santé, je reviendrai sur la présentation du robot Nao par Aldebarran Robotics et de ses applications dans le domaine de la santé.

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Si j’ai raconté n’importe quoi sur la génétique, n’étant pas spécialiste, n’hésitez pas à me corriger dans les commentaires !

[image : ‘The thrillingness that is systems biology‘ / alisoncownie sur flickr]

Chercheurs, testez en ligne vos candidats médicaments !

Mettre sur le marché un nouveau médicament prend (au mieux) une dizaine d’années et coute près d’un milliard de dollars. Pour un nouveau médicament commercialisé, on estime que 5000 à 10.000 composés ont été testé en amont (source)

Red Pills, originally uploaded by Xavi Calvo.

Le processus de R&D est partagé entre plusieurs types d’acteurs : des industriels, biotech ou pharma, et des chercheurs du monde public qui interviennent principalement au niveau de la recherche fondamentale en décodant les mécanismes biologiques des maladies et proposant des scénarii de traitement possible, sous forme de molécules d’origine chimique ou biologique qui vont interagir avec le mécanisme pathologique.

Ces deux mondes se rencontrent naturellement depuis longtemps et les collaborations sont nombreuses, mais le web peut-il aujourd’hui booster ces collaborations et devenir un outil utile au drug discovery ?

C’est le pari qu’à récemment fait Eli Lilly, laboratoire pharmaceutique nord-américain, qui a mis sur pied la plate-forme PD2 (prononcer « Pi Di Square ») pour Phenotypic Drug Discovery.

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Le principe en est simple : permettre à des structures de recherche universitaire ou des entreprises de biotech, de tester les molécules développées en interne dans des batteries de tests validés, d’abord par des techniques de modélisation moléculaire (recherche in silico), puis in vitro, dans des modèles de pathologies humaines, les modèles phénotypiques.

La première phase de test consiste pour l’institution publique ou l’entreprise de biotech à la soumission, via une plate-forme web sécurisée et de manière confidentielle, d’une structure chimique modélisée qui va subir une première batterie de tests in silico afin d’identifier des structures chimiques potentiellement intéressantes pour un développement ultérieur.

La seconde phase, toujours basée sur la plate-forme web, et toujours confidentielle, permettra à l’institution publique ou l’entreprise de biotech de faire tester physiquement ses échantillons dans des modèles phénotypiques in vitro, propriété d’Eli Lilly : Maladie d’Alzheimer, Diabète, Cancer et Ostéoporose et d’obtenir un ensemble de résultats caractérisant l’activité de son composé dans ces différents modèles.

Une fois passées ces deux phases – décrites en détail ici – pourront débuter d’éventuelles négociations entre Lilly et l’institution propriétaire du composé sur les suites à donner au développement : publication des résultats ou partenariat de R&D avec partage de propriété sur la molécule.

A nouveau et comme dans la plupart des cas de transfert de données, ce sont la sécurisation et la garantie de confidentialité du système qui sont les points critiques de la solution développée par Lilly, mais c’est en tout cas une initiative à suivre pour vérifier que, comme cela devrait être le cas à mon sens, le web est et sera de plus en plus un outil incontournable en recherche biomédicale.